三部曲：朔月、望月、残月。
第一部：朔月
混沌时代
很久以前，世界曾被月与海的古神统治。古神因孤独而创造了一个特殊的人类种族——海拉耶，并赋予他们部分神力，使其成为自己的玩伴。
然而，海拉耶渴望自由，最终背叛了古神，导致双方爆发漫长的战争。战争的终结，由一位不知名的勇者——海拉耶的后裔，带领人类完成。最终，他将古神封印于亚特兰蒂斯，但在临死前，古神对勇者的血脉施下了破碎轮回的诅咒，使他们的精神无法完整重生，而他的后裔也将永远被牵引入复活仪式，成为祭品。
与此同时，古神创造了一支没有真正情感的家族，赋予他们千年的使命——持续献祭海拉耶的后裔，以逐步恢复古神的力量。
命运的开始
结城俊介在大学时期结识了德国留学生玛莉亚，两人迅速相恋并结婚，生下了女儿结城若叶。若叶天赋异禀，不仅美丽聪慧，还极具领导力，是人群中的焦点。三年后，因一次意外，玛莉亚又生下了儿子结城久枝
久枝与姐姐截然不同，既没有若叶的才华，也没有她的自信。他的存在感微弱，久而久之，家人也习惯了忽视他。
大地震
六年后，一场突如其来的大地震吞噬了他们的城市。结城姐弟的父母在灾难中遇难，而姐弟二人被压在废墟之下。久枝因失血过多濒临死亡，在最后一刻，他鼓励姐姐活下去。但若叶无法接受他的死，在黑暗中哭喊求救。
这时，一个银发的神秘男孩出现，告诉她，他可以让久枝复活，但代价沉重。若叶毫不犹豫地答应。她的记忆随即断裂，仿佛这一切只是灾难中的幻觉。
当她醒来，弟弟奇迹般地复活，唯一的痕迹是他的右腿留下了永久的后遗症。但从此，久枝失去了六岁前的所有记忆，仅仅记得姐姐是自己最亲近的人。
更诡异的是，他开始遭遇不寻常的意外，仿佛被某种无形的诅咒缠绕：从高处坠落、差点溺水、被迎面而来的车险些撞倒……所有这些事故都指向同一个结果——他的存在本不该持续下去。
意识到这一点，若叶决定不告诉久枝地震时发生的一切，并发誓保护他活下去。
十年后，命运再次交错
十年后，若叶考入东京大学，久枝进入本地的高中，姐弟二人暂时分别。
由于长相过于出众，久枝意外吸引了学校混混头目的女友，对方主动接近他，引发混混的怒火。从此，久枝成为校园霸凌的目标，被排挤和孤立。尽管如此，他仍然结识了低情商的铃木隼人和偶像宅竹下康次郎，成为朋友。
某天，康次郎邀请久枝观看地下偶像团体的演出。在舞台中央，他第一次见到了阏伽井莉莉亚。
她耀眼、自信，不论对待粉丝还是工作人员，都毫无距离感。久枝被她的态度震撼，成为她的狂热粉丝。半年后，若叶因实习回到久枝的高中，担任历史老师，并在几次危险事件中及时保护弟弟。与此同时，莉莉亚宣布从偶像团体毕业，转学到久枝所在的高中，两人成为同级生。
久枝鼓起勇气向莉莉亚表白，却被无情拒绝。但当久枝在一次意外中救了莉莉亚，自己却濒死时，她的态度发生了变化。
莉莉亚的执念
久枝住院半个月后，莉莉亚突然主动向他示好，请求与他交往。久枝因自己的「厄运」害怕波及莉莉亚，选择拒绝，并希望她继续做偶像。
莉莉亚表面上答应，但她的执念逐渐加深，她开始调查久枝的一切，试图查明他为何拒绝自己。渐渐地，她产生了一个极端的想法——久枝真正喜欢的人，其实是若叶。
莉莉亚无法接受这个事实，但也意识到自己无法撼动若叶。她做出了一个疯狂的决定——让久枝彻底成为她的，只属于她的人。
她将久枝骗到废弃工厂，试图以自杀威胁他，甚至要与他殉情。然而，久枝没有反抗，而是冷静地告诉她：「其实，我一直喜欢你。」这句话让莉莉亚犹豫了。
就在此时，若叶找到了他们。若叶提出带走久枝，既往不咎。莉莉亚假装答应，却趁若叶不备试图偷袭她。然而，在她出手前，一个银发男子出现，轻易制止了她。
若叶看着这个男子，心中升起熟悉感，直到离开后才意识到——这正是当年复活久枝的男孩。
落幕
随着莉莉亚的异常，若叶开始调查她的过去，并发现她的家族与某个古老的邪教组织有关。与此同时，莉莉亚再次失踪。
为了找到莉莉亚，若叶与久枝追查线索，最终找到了废弃的教堂。然而，他们刚踏入教堂，便遭到斗篷人的包围，银发男子「骸」现身，揭示真相——久枝是「最终的献祭」。
莉莉亚趁乱挣脱束缚，冲向祭坛，但久枝却意外受伤，血洒落在祭坛上，仪式被部分激活。骸露出诡异的笑容，若叶趁机推倒他，久枝下意识伸手救他，但骸挣脱，跌入献祭之门。
没有尸体，也没有血迹，仿佛他从未存在过。
姐弟二人与莉莉亚离开，回归表面上的正常生活。然而，久枝的心中始终有个疑问——骸，真的死了吗？
而在某个未知的角落，某双银色的眼眸，正悄然注视着他们……
黑暗仍在潜伏，故事尚未终结。
第二部：望月
古神的复苏
五年后，久枝边上学的同时边在报社实习，若叶在东大做民俗学研究，莉莉亚的偶像事业蒸蒸日上。
但与此同时，曾被封印的古神苏醒。它无法立刻恢复全部神力，因此选择伪装成人类，化名为结城深月，以若叶与久枝的堂妹身份潜伏在人类社会。深月的目标是吞噬久枝，夺回海拉耶之血，以此恢复神位。
深月是一个残酷而又充满玩心的存在，她从不掩饰对世界的轻蔑，但同时，她又对海拉耶怀有某种难以言喻的偏爱。她观察久枝，测试他，挑逗他，想要看看他究竟能走到哪一步。
起初，久枝并未察觉深月的异常。她表现得像一个活泼的小学生，偶尔调皮，偶尔粘人，甚至比久枝记忆中的家人更加亲近。然而，莉莉亚很快察觉到某种无法言喻的不对劲。
莉莉亚的退场
莉莉亚总觉得深月的存在过于突兀，她并不记得若叶家中有这样一个堂妹。而且，深月的气息让她感到不适，甚至有一种她根本不属于这个世界的错觉。莉莉亚开始暗中观察深月，并试图寻找她的破绽。
最终，她确认了自己的怀疑——深月根本不是人类，而是某种更可怕的存在。
莉莉亚毫不犹豫地试图除掉危险，试图毒杀深月，哪怕把久枝一起杀掉，但她的行动被对方轻松识破。莉莉亚反而被自己的毒所害，昏迷不醒
莉莉亚倒下后，若叶察觉到异样。她开始警觉，并很快发现深月的行为充满了漏洞。她的名字、她的过去、她的身份……所有的东西都没有真实的记录。若叶意识到，这个人并不是他们的堂妹，而是某种更恐怖的东西。
然而，她还没来得及告诉久枝，两人便因为某些事情大吵了一架。
久枝一直对自己和若叶的关系有所怀疑。他总觉得姐姐对自己的保护过度，以至于让他失去了独立思考的能力。他想证明自己不再是过去那个只能依靠姐姐的孩子，于是在争吵中表现得异常强硬。若叶则认为久枝被情绪冲昏了头，根本不愿意听她的劝告。
于是，两人不欢而散。
对决
若叶的怀疑让深月警觉起来。她知道，若叶是唯一有可能阻止自己的人，因此，她决定先解决这个威胁。
她伪装成柔弱的小女孩，试图利用久枝对她的信任，在他面前塑造若叶的负面形象。但她很快发现，久枝对姐姐的信任仍然根深蒂固，她必须寻找新的方法将他拉向自己。
于是，深月主动向久枝分享了关于海拉耶和自己的记忆。她让久枝看到了过去的海拉耶，看到了那个曾与古神为伴的世界。她向久枝展现了古神的权能，向他解释自己的存在，并提出了一个诱人的选择——成为古神的一部分，与她一同超越人类的局限，站在世界的顶端。
久枝开始动摇。
他一直以来都在寻找自己存在的意义，而深月的话，让他开始怀疑自己是否真的只属于人类。如果他真的只是被诅咒的海拉耶血脉，那他为什么不干脆接受自己的宿命？
与此同时，若叶试图寻找久枝，却被归来，被迫协助深月的骸拦下。若叶没时间震惊于骸的存活，只能应战。在一场激烈的战斗后，她成功脱身，奔向久枝的所在地。
结城久枝的选择
若叶赶到时，看到的是站在深月身边的久枝。他并没有完全倒向深月，但他也没有拒绝她。
若叶几乎瞬间明白了深月的计划。向久枝喊不要选她。
深月却轻笑一声，缓缓走向久枝，轻声对他说：「你的姐姐根本不关心你。她只是害怕失去控制权，所以才会阻止你。她不是在保护你，而是在束缚你。」
久枝的目光动摇了。
深月的声音低沉而温柔，她向久枝伸出手：「你本就属于我，回到我身边吧。」
但就在久枝几乎要伸出手的瞬间，他的脑海中闪过不属于他的记忆。那些片段里，有海拉耶的世界，有古神的沉眠，有深月所述的一切……但他突然意识到，这一切的核心都建立在一个错误的假设之上。
转世，并不存在。
古神一直以来都在利用破碎的记忆欺骗自己，让久枝以为自己只是「诅咒的轮回体」，但事实上，他并不是过去勇者的残片，而是一个真正独立的存在。
久枝的思绪瞬间清明，他意识到，他不属于古神，也不属于海拉耶，他只是他自己。
于是，他做出了反击。
久枝反噬了古神的力量，以自身的意志撕裂了深月的存在，将她的神性剥夺，使她的力量彻底溃散。
但这股庞大的能量无法凭空消失。若叶察觉到了这一点，她明白，如果这股力量不被封印，它迟早会找到新的宿主，卷土重来。
久枝也意识到了这一点。他看向若叶，目光无比平静：「姐姐，把我一起封印吧。」
若叶的手微微颤抖，她不想这样做。她想要久枝活着，想要让他摆脱所有的诅咒，想要让他们回归正常的生活。但她很清楚，如果久枝不封印，古神就不会彻底消失。
他们注定无法两全。
最终，若叶选择将久枝与古神一同封印，彻底断绝了古神复苏的可能性。而作为交换，久枝将自己的一部分精神分给若叶，使她第一次拥有了「真正的感性」——她终于能够像普通人一样感受自己的情绪。
久枝被世界彻底隔绝，他们再也无法相见。
结局
莉莉亚终于苏醒，却发现久枝已经不在了。她明白发生了什么，但她无法接受。
骸静静地站在远处，沉默地看着这一切，他以为若叶会杀掉自己，但若叶选择了原谅。
她现在拥有了「人类的感性」，但她也知道，她已经失去了最重要的东西。
而久枝，在封印的世界里，静静地凝望着这片他再也无法触及的世界。
这是他的选择，这是他的结局。
故事，至此终结。
第三部：残月
封印之后
莉莉亚脱离了原来的生活轨迹，成为了女演员，她的名气越来越大，光鲜亮丽的外表下，却隐藏着一个外人无法窥探的秘密——她一直在寻找能带回久枝的方法。她查阅各种禁忌书籍，潜入各个神秘场所，试图找到能逆转封印的方式。然而，即使她愿意付出一切，久枝依旧没有回来的迹象。
与此同时，若叶和骸结婚，两个人表面上分别成为了民俗学教授与心理咨询师，但他们的真正身份依然隐藏在黑暗之中。他们仍在追踪世界各地海拉耶后裔的遗留问题，处理那些因血脉觉醒或信仰极端化而导致的混乱。他们知道，封印古神并不意味着问题的终结，某些遗留的存在，仍然在暗处蠢蠢欲动。
然而，他们没有料到，某个无关紧要的人，会因为一次意外，卷入了这个世界的阴影之中——
新的闯入者
某一天，高中生铃木一人偶然闯入了若叶布置的仪式现场。他原本只是一个普通的学生，过着和其他人没有区别的生活，直到那一天，他的世界彻底改变。
仪式的力量将他拉入了他不应该接触的世界，他看见了扭曲的影子，听到了不属于人类的低语，甚至在恍惚间，看到了封印的某处传来微弱的共鸣。然而，还未等他理解自己究竟看到了什么，他便被若叶与骸发现，并强行带出了仪式的影响范围。
若叶本想清除他的记忆，让他忘记这一切。然而，她很快意识到，一人似乎有某种特别的体质——他的精神对仪式的影响极为敏感，他能够察觉到常人无法察觉的东西。
更重要的是，一人的精神在仪式后留下了某种印记，使他开始无意间吸引那些隐藏在阴影中的存在。若叶无奈之下，只能暂时让他留下，并给了他一个选择——要么离开，彻底封印记忆，要么留下，面对世界的真相。
一人没有犹豫。他选择了留下。
唯识的恐怖袭击
不久后，一人发现，这个世界的异常现象远不止于此。最近，一群神秘的恐怖分子「唯识」正在制造大规模的破坏，他们袭击政府机构，攻击宗教团体，甚至毫无预兆地屠杀特定的血统持有者。他们的目的不明，行动方式却极端而精准。
随着一人与自己的青梅竹马青井蓝理栖及其他几名伙伴深入调查，他们逐渐发现，「唯识」背后的首领——橘唯识，实际上是和他们相似的存在。
唯识本名橘唯识，他本不是极端主义者，更不是一个冷血的杀手。然而，他却选择了走上这条道路。
他的目标只有一个——寻找三日月亚里。
三日月亚里是他从小一起长大的青梅竹马。然而，她却是阏伽井分家的「圣女」，拥有异常的再生能力。正因为这份天赋，她的家族将她视为供奉古神的活祭品，并剥夺了她的名字和存在，将她关押在一个外人无法知晓的地方。
唯识无法接受这一切。他开始疯狂地寻找她，试图让世界重新承认她的存在。但他很快意识到，这个世界并不会轻易交出它想隐藏的东西。
于是，他选择了另一种方式——让世界无法忽视他的存在。
他发起恐怖袭击，制造混乱，他用极端的方式，让整个世界都在寻找「唯识」这个名字，因为他知道，只有当世界开始关注他时，亚里才有可能被发现。
对立
随着一人逐渐接近唯识的核心，他开始发现，自己和唯识竟然有许多相似之处。
他们都深爱着自己的青梅竹马，他们都为了寻找她而踏入未知的世界，他们都愿意为此付出一切。
然而，他们选择的道路却完全不同。
唯识走上了毁灭与破坏，他认为，只有让世界被迫关注，才能让真相浮现。
而一人则想要保护自己珍视的一切，不愿看到更多的牺牲与无谓的死亡。
两人最终站在了对立面。两人的战斗，是信念的碰撞。
最终，唯识战败，却依旧完成了自己的目标——他终于找到了三日月亚里。
延续
因为唯识的努力，若叶最终找到了亚里。但她发现，亚里没有一丝关于唯识的记忆。她不记得他了。
她甚至不知道，她的生命是唯识用鲜血换来的。若叶沉默了片刻，最终没有告诉亚里真相。
唯识选择牺牲自己，让三日月亚里活下去。
然而，他的名字却没有死去。
从此，亚里成为了新的「唯识」。
她继承了唯识的名字，但她永远不会知道，自己真正的救命恩人是谁。
命运的轮回
莉莉亚依旧在寻找久枝，她不会放弃。
若叶和骸继续维持着表面上的生活，同时处理着世界中的异常。
铃木一人和青井蓝理栖最终成功阻止了唯识，但他们都清楚，世界的黑暗并未消散，他们只是暂时赢得了片刻的平静。
三日月亚里成为了新的「唯识」，带着她未曾知晓的记忆，继续走向未知的未来。
而封印之外的某处，命运的齿轮仍在缓缓转动。