上篇
前传篇
金州，这座终年被雾笼罩的港口城市，繁华而死寂。人们按照世界的规律生活，从不质疑自己所处的现实。世界的合理性无形地运作，让一切看似合理、可控。
二十年前，周鸿杰在车祸中重伤，倒在马路中央，奄奄一息。他的手向路人伸出，但没有一个人停下。他痛恨人们的漠视、世界的漠视。
他死了，被世界遗忘。可在临死前，他意识到一个真相——世界的合理性是可操控的，只要让足够多的人相信某件事，它就会主动调整，使之成为现实。
他化作怨灵，抛弃了名字，成为凌刻，要对这个世界进行复仇。
起始篇
十几年后，金州某秘密实验室发生惨案，所有研究员被撕碎，实验场地血迹斑斑。唯一的幸存者，是一个站在尸堆中的改造人少年。他身上满是血迹，却对此一无所知。他茫然地走出实验室，没有记忆，没有目标。
凌刻找到他，看着这个对世界一无所知的生物，眼神空洞，顺从而迷茫。
这正是他要寻找的棋子。
他为少年取了一个名字——卡罗。
卡罗对过去一无所知，他唯一拥有的，是凌刻给予的身份。他对凌刻无条件信任，将他当作导师，甚至是救赎。而凌刻只是微笑，卡罗并不需要知道他是谁，只需要知道自己该做什么。
反抗组织篇
金州迎来了一位强硬的反妖派市长，他迅速允许超现所（国防对超自然现象调查所）进入金州，大规模清剿妖怪。
凌刻利用这个机会，成立了反抗组织，号称保护妖怪免受猎杀。但实际上，他只是在利用这场“反抗”，制造社会动荡，让人们相信世界正在崩坏。
卡罗成为凌刻最锋利的刀，他执行暗杀任务，刺杀反妖派的高层，让金州的社会开始变得不稳定。
但凌刻知道，仅仅制造妖怪与人类的冲突，还不足以让人类相信自己正在走向灭亡。
碧瑶篇
一天，卡罗的食物被人叼走，那个偷走他三明治的少女自称金碧瑶。她看起来是个无害的野丫头，行为举止都带着妖气。她自称是毕方鸟精，但她的身体与传说中的毕方鸟并不吻合。她加入组织，毫不在意凌刻的意图，也不去干涉他的计划。
她暗中阻止凌刻继续利用卡罗。凌刻看着她的加入，只是微笑，没有阻止。他知道，她迟早会成为他计划里重要的一环。
万事屋篇
凌刻前往本地的万事屋——地下情报和黑市——获取信息，意外认识了过劳死的前清朝官员僵尸诸葛博和他的助手无名，天真鲁莽，妄想成为侦探，贫民窟的吸血鬼少年。出于对冒险的向往，无名加入反抗组织，成为跑腿人。
爱情篇
卡罗和碧瑶在逛街的时候撞上了一位穿着复古的异国少女，奥萝。她生活在上世纪，本来要前往一战前线当护士，却在路上掉进了虫洞穿越而来。回不去家的奥萝被凌刻收留，加入了组织。
一段时间后，凌刻找来本地的地头蛇亨利谈生意。观念守旧、梦想是找一个好丈夫的奥萝对亨利一见钟情，展开猛烈攻势。因为同样都是外国人，两个人很聊得来，很快就谈起了恋爱。
组织的行动变得越来越“温和”，主在帮助妖怪，而不再进行暗杀。卡罗甚至开始尝试控制自己的嗜血冲动。凌刻对此无所谓，他依旧笑眯眯地站在幕后，似乎在等着某件更重要的事情发生。
中篇
万阅国际中学篇
凌刻要求卡罗和碧瑶潜入万悦国际中学，调查学校里的一群研究者。和外星人同学洛普·安东尼·艾涅尔(小王子)合力探索后他们发现，学校里有一群普通人类，试图解析妖怪的存在，他们在没有妖怪引介人的情况下窥探怪异。
世界的合理性不允许他们这样做。这些研究者被相继惩罚，有些甚至离奇死亡。
他们在调查中发现，凌刻的亲生妹妹周若怡也在这里，但她对这个哥哥一无所知。卡罗从周若怡那听说了凌刻生前的故事。
碧瑶的秘密也被揭露——她并非真正的毕方鸟，而是由古代雕像幻化而来的木妖。她没有真正的情感，她的所有喜怒哀乐，都只是模仿已经逝去的主人的表演。
卡罗告诉她，她已经在千年的表演中活成了自己。
二人摧毁了学校的研究所，返回组织，但凌刻的计划已经接近尾声。
下篇
同胞复仇篇
组织的某一天，弗兰肯出现了。
他和卡罗来自同一个实验室，他曾经沉睡在另一个研究所，被凌刻找到后复活。他表面上失去记忆，实际上，他试图杀死卡罗，为实验室中的死者复仇。
卡罗与弗兰肯展开了长时间的暗斗，弗兰肯逐渐发现自己不只有恨，还有别的情感。他想向卡罗坦白，但还没来得及，他就在卡罗面前被超现所猎杀。
衰落篇
超现所锁定了反抗组织的据点，发动了全面围剿。
亨利发现了凌刻的真正计划，试图阻止他，却被凌刻出卖，死于警察枪下。奥萝目睹亨利之死，选择离开组织，隐姓埋名生活下去。无名回到诸葛博那里，立场中立。组织就此解散。
为了掩护卡罗，碧瑶释放巨大的火焰焚毁整个战场，而她自己作为木妖，也被火焰吞噬。她在死前告诉卡罗，她一直以为自己没有真正的情感，所有的笑容、愤怒、悲伤都只是模仿，可是现在，她害怕了。
卡罗终于意识到，自己只是凌刻计划中的一枚棋子，他要阻止自己的恩师。
谢幕
卡罗在核电站找到凌刻，他以为凌刻要引爆反应堆，毁灭整个城市。
然而，凌刻的计划早已完成。
他不需要毁灭任何东西。
- 经济危机——金州的金融系统崩溃，人们开始怀疑世界已经不正常。
- 极端天气——暴雨、热浪、飓风、地震频发，人们开始相信自然灾害失控了。
- 大规模暴动——多个国家的社会动荡频发，政府镇压无效，谣言四起。
- 瘟疫爆发——某个港口城市出现未知病毒，医疗系统崩溃，恐慌蔓延。
- 信任危机事件——政府高层接连遭遇丑闻，社会不信任感加剧。
碧瑶的火焰，是最后一笔催化剂，她的火焰烧炸了最近的工厂，对产业造成了巨大影响。
人类已经相信世界正在走向灭亡，而世界的合理性，正在顺应这一信念，自行调整现实，使之成为不可逆的事实。
人们不再把灾难当作偶然，而是当作宿命，他们相信世界正在走向终结，而世界，正在回应他们的信仰。
凌刻成功了。
他消失了，而卡罗站在逐渐崩坏的金州，不知是喜是悲。
世界的合理性已经做出了调整。
人类，正在走向毁灭。